Tα ΕΛΠΕ είναι ο κύριος και διαχρονικός ρυπαντής της Λίμνης Κουμουνδούρου. Πλήθος δημοσιευμένων επιστημονικών μελετών και ερευνών ενοχοποιούν το διυλιστήριο για την συνεχή εκροή πετρελαιοειδών προς την Λίμνη. Οι διαρροές των δεξαμενών εισχωρούν στα υπόγεια νερά τα οποία εκρέουν στη Λίμνη. Το ευαίσθητο οικοσύστημα της Λίμνης Κουμουνδούρου συχνά οδηγείται σε οριακές καταστάσεις (νεκρά ψάρια, ακόμα και ανάφλεξη περιοχής της λίμνης στο παρελθόν). Τα ΕΛΠΕ ουδέποτε αποδέχτηκαν τη συμμετοχή τους στο ρυπαντικό φορτίο της Λίμνης! Το 2009, μάλιστα, με επίσημη δήλωσή τους, απέκλειαν οποιαδήποτε συμμετοχή τους στην ρύπανση της Λίμνης με πετρελαιοειδή !
